O Rio de Janeiro foi fundado a partir de seu porto natural, que atraiu corsários franceses, piratas e que mais tarde foi o grande escoadouro das exportações do País. As tranqüilas águas da Baía da Guanabara chamaram a atenção dos corsários franceses e de piratas nos primeiros séculos da colonização. E fizeram com que os portugueses se dispusessem a empreender a povoação e a defesa da cidade como forma de impedir que o natural ancoradouro, formado naquele local, se tornasse porta de entrada para invasores.

Na verdade, o Rio de Janeiro e seu porto têm suas histórias entrelaçadas. Tanto que já no século XVIII "o movimento de passageiros e mercadorias mais nobres estava concentrado nos atracadouros entre o Castelo e São Bento, mas a Prainha e a Saúde especializavam-se nas cargas oriundas do recôncavo (alimentos, animais, madeiras) e no desembarque de escravos", como contam os pesquisadores Paulo Bastos Cezar e Ana Rosa Viveiros de Castro no livro "A Praça Mauá na Memória do Rio de Janeiro".

A importância do porto, no entanto, segundo eles, só cresce em meados do século XIX com a "rápida expansão do comércio do café, oriundo das alturas do maciço da Tijuca ou dos portos do recôncavo". O porto do Rio de Janeiro, na então chamada Prainha, portanto, foi durante décadas o principal porto de escoamento da produção brasileira de café, que cresceu vertiginosamente, "até que os cafezais paulistas viessem conceder a primazia a Santos".

Segundo os pesquisadores, "o café fluminense descia as serras em lombo de burro desde o Vale do Paraíba até os pequenos portos do recôncavo da Guanabara, como Inhomirim, Estrela, Pilar, Iguaçu e Magé, para ser embarcado em faluas até a Prainha, onde aguardava a comercialização nos armazéns das proximidades".

Em 1858, quando a primeira estrada de ferro foi construída, ligando a serra até a estação de Campo de Santana, já havia um intenso movimento portuário na Prainha. "O ambiente do local era dominado pelos negros que carregavam nos ombros a sacaria, descarregando as carretas da Companhia Locomotora organizada por Assis Silveira para fazer a comunicação entre os trens e o porto. Mais tarde, os trilhos da ferrovia chegaram à beira dos trapiches da Saúde, através de um túnel cavado sob o Morro do Pinto". Foi um pouco antes disso, também, em 1830, que o poder público começou a ordenar a movimentação portuária, regulamentando a delimitação das áreas onde os navios deviam ancorar, cabendo ao ancoradouro localizado entre o Trapiche do Sal e o Valongo as chamadas 'embarcações de carga".

Em torno do porto ocorreu toda uma movimentação de novos negócios, com a abertura das primeiras fábricas brasileiras, como fundições, serralherias, moinhos de trigo e também o mercado de escravos, além do intenso movimento das carroças de carga e, naturalmente, casas comerciais de café e outros produtos. O atual centro do Rio de Janeiro se expandiu e, a partir de 1850, a infra-estrutura urbana começou a dar mostras do poder do café como propulsor da economia. Foram criados serviços de esgotos, gás, a cidade começou a tomar forma e a atrair investidores. Tudo a partir do café e do porto do Rio de Janeiro.

Em 1918 o porto contava 18 armazéns internos, 98 armazéns externos e 90 guindastes e, embora nesta época já não fosse mais o maior porto de exportações do café, tendo perdido sua posição de liderança para Santos, "era sem dúvida o maior porto importador e distribuidor, e sem dúvida também o mais moderno do País".

A inauguração oficial do Porto do Rio de Janeiro, no entanto, só ocorreu em julho de 1910, "passando a ser administrado por Demart & Cia. (1910), Compagnie du Port do Rio de Janeiro (1911 a 1922) e Companhia Brasileira de Exploração de Portos (1923 a 1933). Pela Lei nº 190, de 16/01/1936, foi constituída a autarquia federal Administração do Porto do Rio de Janeiro, que recebeu as instalações portuárias em transferência do Departamento Nacional de Portos e Navegação, do Ministério da Viação e Obras Públicas", de acordo com informações da Companhia Docas do Rio de Janeiro. Mais tarde, o Decreto nº 72.439, de 09/07/73, aprovou a criação da Companhia Docas da Guanabara, atualmente Companhia Docas do Rio de Janeiro ou Docas do Rio Autoridade Portuária.